Територијата на градот Скопје со околината изобилува со богата биолошка разновидност. Сплетот од различни географски, геоморфолошки и климатски карактеристики е причина за диференцирање на поголем број хабитати и заедници, кои од своја страна нудат услови за развој на преку 2000 видови од царствата на габите, растенијата и животните. Меѓутоа, вековното антропогенио влијание на овие простори придонело за намалување на бројот на автохтоните видови. На подрачјето на Скпоскиот регион регистрирани се 12 подрачја или објекти, заштитени како природно наследство.
| Име на подрачје / објект | Заштитна Група | Површина (ha) | Година на заштита | |
| 1. | Водно (*)(**) | ПППК | 1,953.00 | 1970 г. |
| 2. | Кожле | ПППК | 85.00 | 1987 г. |
| 3. | Ручица | ОРЖВ | 1,785.00 | 1969 г. |
| 4. | Катлановско блато (**) | ОРЖВ | 70.00 | 1965 г. |
| 5. | Скопска Тврдина (Кале) | СП | 0.67 | 1987 г. |
| 6. | Катлановски предел (**) | СП | 5,442.00 | 1991 г. |
| 7. | Острово (**) | СП | 13.00 | 1976 г. |
| 8. | Арборетум (**) | СП | 3.3 | 1965 г. |
| 9. | Кањон Матка (*)(**) | СП | 5.442.80 | 1994 г. |
| 10. | Гази Баба (*) | КП | 102,44 | 1998 г. |
| 11. | Јасен | СПР | 25 304.92 | 1958 г. |
| 12. | Пештера Дона Дука (**) |
(*) – локалотети во надлежност на Град Скопје, (**) – локалитети заштитени со одлуки на Град Скопје.
Градот Скопје редовно, на годишно ниво одвојува средства предвидени со Буџетот на Град Скопје за заштита и уредување на заштитените локалитети.
Градот Скопје има изготвено студии за валоризација на нови подрачја и објекти, доставени со предлог за заштита до Министерството за животна средина и просторно планирање:
– планинскиот масив Жеден,
– Скопска Црна Гора,
– Заштитен еколошки коридор Водно – Сарај – Матка,
– пештерите на Матка.
Регулативи
Ревалоризација на заштитени локалитети
Планината Водно до средината на 20-иот век била голина и секој дожд преставувал опасност за граѓаните на Скопје, кога со организирани акции е озеленета.
Трим патека на Гази Баба, каде редовно се одржуваат спортски активности.
